Несмотря на то, что личность Ивана Мазепы во все времена вызывала большой интерес у исследователей и что про этого гетмана было написано несколько серьёзных монографий, подавляющая часть архивных источников по истории его гетманства и далее остаётся неиспользованной. Прежде всего имеется ввиду источники по таким вопросам, как отношения Мазепы с российским правительством и внутренняя политика гетмана.
Традиционно считалось, что юридическим документом, который определял отношения Мазепы и России, были Коломацкие статьи, заключённые под давлением В. Голицына во время выборов Мазепы на гетманство в 1687 г. На самом деле в 1689 г. во время поездки Мазепы в Москву, где он стал свидетелем Нарышкинского переворота, по инициативе гетмана были утверждены новые статьи, которые мы называем Московскими. Этот документ имел принципиальное значение. Если М. Костомаров по вполне понятным причинам не хотел вести речь о существовании соглашения между Мазепой и Петром уже на этом, начальном периоде их взаимоотношений, то не совсем понятно, почему А.Оглоблин ограничился лишь короткой фразой в примечаниях к своей монографии: "В сентябре 1689 г., после московского переворота и падения Голицына, сделаны небольшие изменения в Колмацком договоре".
На самом деле, изменения, которые внедрили Московские статьи, были очень существенны. Не удивительно, что гетман получил в Москве согласие на свои статьи не сразу, а только после долгих дебатов с Е. Украинцевым и другими россиянами, которые после переворота репрезентовали Нарышкиных. Мазепа оптимально использовал ситуацию, которая сложилась, а также крах В. Голицына, сторонника уменьшения автономии Гетманщины и превращения гетмана в марионетку.
Прежде всего Московские статьи практически возобновили аренды, введённые И.Самойловичем и отменённые 22-й Коломацкой статьёй. Аренды обеспечивали экономическую независимость гетманской сокровищницы, а соответственно – настоящую автономию Гетманщины. Несмотря на начальный отказ русских включить этот пункт в статьи, Мазепа добился разрешения провести на Рождество совет для обсуждения вопроса аренды. Следовательно решение этого дела переходило в руки гетмана.
Кроме того, Мазепа добился очень важного для укрепления государственной власти в Гетманщине пункта – проведение осмотра и переписи всех казаков. По сути, это усиливало положение 3-2 Коломацкой статьи, в которой шла речь о 30-тысяном казацком реестре. Проблема переписи казаков была чрезвычайно актуальной ещё со времен Богдана Хмельницкого, когда появление большого количества "показаченных" привела к социальной нестабильности и способствовала начальной руине. Стремление Мазепы сделать социальную структуру общества стабильной свидетельствует о том, что до 1689 г. у него уже сформировалось чёткое представление о наиважнейших проблемах Гетманщины и про необходимые шаги во внутренней политике.
Московские статьи также позволяли Мазепе навести порядок в винокурении, что было одним из важнейших экономических факторов.
Гетман побеспокоился и о том, чтобы усилить собственную власть, сделав её верховной не только над старшиной, а и над русскими воеводами. Этому способствовала 10-я статья, которая запрещала делать в Украине любые предоставления не по воле гетмана.